Zwrot VAT w erze KSeF: 40 dni nowym standardem, ale urząd wciąż może przedłużyć weryfikację

Zwrot VAT to pieniądze, które ekonomicznie należą już do firmy, ale przez kilka tygodni leżą na koncie urzędu skarbowego zamiast pracować w biznesie. Dla przedsiębiorcy, który właśnie kupił maszynę albo wyposażył lokal, różnica między zwrotem po 25 a po 60 dniach bywa różnicą między spokojnym a nerwowym miesiącem. Od rozliczenia za luty 2026 r. podstawowy termin zwrotu VAT skrócono z 60 do 40 dni — to jedna z odczuwalnych zmian, które przyszły razem z obowiązkowym Krajowym Systemem e-Faktur. Urząd nie stracił jednak prawa do sprawdzania zwrotów budzących wątpliwości. Poniżej: jakie terminy obowiązują dziś i co zrobić, gdy zamiast przelewu przychodzi postanowienie o przedłużeniu.

Co zmieniło się wraz z obowiązkowym KSeF

Podstawą zmian jest ustawa z 5 sierpnia 2025 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2025 r. poz. 1203). Wprowadziła ona dwa odrębne obowiązki, których nie należy mylić: obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych oraz obowiązek ich odbierania przez KSeF.

Obowiązek wystawiania faktur w KSeF wchodzi etapami:

• 1 lutego 2026 r. — podatnicy, których sprzedaż w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł;
• 1 kwietnia 2026 r. — pozostali czynni podatnicy VAT, czyli zdecydowana większość firm, w tym jednoosobowe działalności;
• 1 stycznia 2027 r. — najmniejsze podmioty, o sprzedaży do 10 000 zł miesięcznie.

Obowiązek odbierania faktur przez KSeF ma natomiast jedną datę wspólną dla wszystkich: 1 lutego 2026 r. Przesunięcie obowiązku wystawiania dla najmniejszych firm nie oznacza, że mogą one ignorować KSeF do 2027 roku — od lutego 2026 r. każdy czynny podatnik VAT musi liczyć się z tym, że kontrahent wystawi mu fakturę wyłącznie w systemie, i musi ją stamtąd odebrać. Szczegóły etapów opisuje Ministerstwo Finansów w komunikacie o drugim etapie wdrożenia KSeF.

Logika ustawodawcy była prosta. Skoro administracja skarbowa ma bieżący wgląd w treść faktur, weryfikacja krzyżowa — czy faktura odliczona przez nabywcę została wykazana przez sprzedawcę — może się dziać niemal natychmiast. W zamian za dodatkowy obowiązek po stronie firm skrócono podstawowy termin zwrotu z 60 do 40 dni; podstawą jest art. 87 ustawy o VAT w brzmieniu nadanym tą nowelizacją.

Trzeba jednak powiedzieć uczciwie: KSeF skrócił termin ustawowy, ale nie odebrał organowi prawa do żądania dodatkowych dokumentów. Dostęp do faktur nie zastępuje umów, dowodów zapłaty czy potwierdzeń wywozu.

Dwa różne „40 dni” — dlaczego w sieci panuje zamieszanie

Tu najłatwiej się pomylić, bo w polskim systemie VAT funkcjonowały po sobie dwa różne mechanizmy 40-dniowego zwrotu.

Mechanizm pierwszy: zachęta dla dobrowolnych użytkowników KSeF (do 31 stycznia 2026 r.)

Zanim KSeF stał się obowiązkowy, jedną z zachęt do dobrowolnego korzystania z niego był skrócony, warunkowy zwrot w 40 dni z art. 87 ust. 5b ustawy o VAT. Trzeba było wystawiać wyłącznie faktury ustrukturyzowane — jedna faktura poza systemem oznaczała utratę prawa do przyspieszonego zwrotu. Mechanizm obowiązywał do 31 stycznia 2026 r.

Mechanizm drugi: nowy termin podstawowy (od rozliczenia za luty 2026 r.)

Od 1 lutego 2026 r. czterdzieści dni to już nie nagroda za dobrowolność, tylko podstawowy termin zwrotu dla wszystkich czynnych podatników VAT, bez dodatkowego wniosku, kryteriów obrotowych i deklaracji o wystawianiu wyłącznie faktur ustrukturyzowanych. Termin liczy się — jak wcześniej sześćdziesięciodniowy — od dnia złożenia rozliczenia.

Rozróżnienie ma znaczenie praktyczne, bo w sieci wciąż krąży wiele tekstów z 2024 i 2025 roku wyliczających przy haśle „zwrot VAT w 40 dni” nieobowiązujące już warunki. Prosta zasada: jeśli artykuł wymienia przy 40 dniach warunek wystawiania wyłącznie faktur ustrukturyzowanych, opisuje stan sprzed lutego 2026 r.

Wszystkie terminy zwrotu w jednej tabeli

Poza terminem podstawowym ustawa przewiduje kilka wariantów. Kolumna po prawej pokazuje to, co bywa pomijane w popularnych zestawieniach: nie każdy termin zwrotu naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć.

Tabela streszcza warunki opisane w ustawie szczegółowo, dlatego przed złożeniem wniosku warto zestawić własną sytuację z pełnym katalogiem — Ministerstwo Finansów prowadzi poradnik odliczenie i zwrot podatku VAT, a odrębne opracowanie poświęcono preferencyjnemu terminowi zwrotu dla podatnika bezgotówkowego. Komplet warunków zwrotu 15-dniowego spełnia w praktyce niewielka grupa firm.

Jak realnie przyspieszyć zwrot

Najprostszą i najczęściej niedocenianą drogą jest zwrot na rachunek VAT w 25 dni. Nie wymaga warunków obrotowych, potwierdzeń zapłaty ani stażu podatnika — wystarczy zaznaczyć w rozliczeniu, że zwrot ma trafić na wyodrębniony rachunek VAT. Ma też zaletę rzadko omawianą: tego terminu naczelnik urzędu skarbowego nie może przedłużyć, bo art. 87 ust. 6a nie odsyła do przepisu dającego taką możliwość.

Cena tej przewidywalności jest realna: środki na rachunku VAT mają ograniczone przeznaczenie. Można z nich zapłacić VAT, inne podatki, składki ZUS oraz kwoty VAT kontrahentom w podzielonej płatności — ale nie przelać ich swobodnie na rachunek bieżący bez zgody naczelnika urzędu skarbowego.

Klasyczny zwrot w 25 dni z art. 87 ust. 6 daje pieniądze na rachunek bieżący, bez ograniczeń w dysponowaniu, ale wymaga spełnienia wszystkich warunków z tabeli powyżej — przede wszystkim dyscypliny płatniczej i 12-miesięcznego stażu czynnego podatnika VAT. To realna opcja dla firm z uporządkowanym obiegiem płatności, z tym zastrzeżeniem, że ten wariant urząd może już przedłużyć.

Niezależnie od wybranego wariantu na szybkość zwrotu wpływa jakość samego rozliczenia:

• Zgodność JPK_V7 z KSeF. Numer KSeF oraz daty wystawienia i otrzymania faktury powinny być spójne z tym, co widzi urząd w systemie.
• Kompletność dokumentacji przy dużych zakupach. Umowa, protokół odbioru, dowód zapłaty i — przy środkach trwałych — dokument OT. Przygotowane wcześniej, nie po wezwaniu.
• Rozwaga przy korektach. Wpływ korekty JPK_V7 złożonej w toku weryfikacji na bieg terminu zwrotu zależy od momentu jej złożenia, zakresu i tego, czy zmienia wnioskowaną kwotę. Skutek warto ustalić w konkretnej sprawie, zamiast zakładać z góry jeden scenariusz.
• Wybór między zwrotem a przeniesieniem. Jeśli w kolejnym miesiącu i tak wystąpi podatek należny, przeniesienie nadwyżki bywa prostsze i nie uruchamia procedury weryfikacyjnej.

Znaczenie ma też częstotliwość rozliczeń: firmy rozliczające VAT kwartalnie czekają dłużej — przy dużych zakupach warto przeliczyć, czy rozliczenie kwartalne VAT w 2026 roku nadal jest korzystne. Terminowe sporządzanie deklaracji podatkowych to zresztą pierwszy warunek szybkiego zwrotu.

Kiedy urząd może przedłużyć weryfikację

Zgodnie z art. 87 ust. 2 zdanie drugie i trzecie ustawy o VAT naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć termin zwrotu do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia, jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego sprawdzenia. Uprawnienie to obejmuje termin podstawowy 40-dniowy oraz te terminy szczególne, przy których ustawa zawiera odesłanie do tego przepisu. Nie obejmuje zwrotu 25-dniowego na rachunek VAT z art. 87 ust. 6a — tam odesłania nie ma, a więc nie ma podstawy prawnej do przedłużenia. Weryfikacja może się toczyć w ramach:

• czynności sprawdzających,
• kontroli podatkowej,
• kontroli celno-skarbowej,
• postępowania podatkowego.

Warto pamiętać o dwóch rzeczach. Po pierwsze, ustawa nie przewiduje maksymalnego limitu czasu weryfikacji — urząd może wydawać kolejne postanowienia i zdarzają się sprawy ciągnące się wiele miesięcy. Po drugie, uprawnienie to nie jest proceduralnie nieograniczone: postanowienie musi zostać skutecznie doręczone w terminie. Kierunek wyznaczyła tu uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego I FPS 1/20 z 21 września 2020 r. — dotyczy skutecznego doręczenia postanowienia przed upływem terminu zwrotu, zwłaszcza elektronicznego, bo samo nadanie pisma czy udostępnienie go w systemie nie wystarcza. W sprawie I FPS 2/25 NSA odmówił natomiast podjęcia uchwały (pytanie dotyczyło zakresu sądowej kontroli wcześniejszych, niezaskarżonych postanowień), więc nie ustanowiono tam wiążącej reguły. Więcej o tym, co dziś widzi fiskus w KSeF i JPK, piszemy przy okazji kontroli podatkowej w jednoosobowej działalności.

Czego musi dopilnować urząd — wymogi formalne postanowienia

Przedłużenie następuje w formie postanowienia, a kluczowa zasada brzmi: musi ono zostać skutecznie doręczone podatnikowi przed upływem pierwotnego terminu zwrotu. Jeśli dotrze choćby dzień później, przedłużenie jest bezskuteczne. Istota tkwi w słowie „doręczone”:

• Liczy się doręczenie, nie nadanie. Data stempla pocztowego ani data wygenerowania pisma w systemie urzędu nie mają znaczenia; liczy się moment, w którym pismo trafiło do podatnika w sposób przewidziany przepisami.
• Doręczenie elektroniczne. Przy e-Doręczeniach lub skrzynce ePUAP decyduje data faktycznego odbioru, a przy braku odbioru — data uznania za doręczone po upływie ustawowego okresu. Skrzynkę trzeba sprawdzać regularnie, zwłaszcza w tygodniu poprzedzającym upływ terminu zwrotu.
• Doręczenie papierowe i awizo. Przesyłkę awizowaną uznaje się za doręczoną dopiero po upływie okresu przechowywania w placówce pocztowej. Jeśli urząd wysłał postanowienie w ostatnich dniach terminu, fikcja doręczenia zadziała już po terminie.
• Uzasadnienie. Ustawa dopuszcza przedłużenie „do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia”, więc brak kalendarzowej daty końcowej sam w sobie nie przesądza o wadliwości postanowienia. Uzasadnienie powinno natomiast wskazywać, co w danej sprawie budzi wątpliwości, a ocenia się je indywidualnie.

Warto więc prowadzić własny rejestr dat: data złożenia rozliczenia, wyliczony z niej dzień upływu terminu zwrotu, data każdego pisma z urzędu i — osobno — data jego faktycznego odbioru. Kopert i potwierdzeń z e-Doręczeń nie należy wyrzucać: bywają decydującym dowodem.

Zażalenie w siedem dni

Na postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu przysługuje zażalenie w terminie 7 dni od dnia doręczenia — zgodnie z art. 236 Ordynacji podatkowej. Wnosi się je do dyrektora izby administracji skarbowej za pośrednictwem naczelnika urzędu skarbowego, który wydał postanowienie.

Sposób liczenia terminu ma praktyczne znaczenie. Bieg rozpoczyna się od dnia następującego po dniu doręczenia; sam dzień doręczenia się nie liczy. Termin upływa z końcem siódmego dnia, a jeżeli ostatni dzień przypada w sobotę albo dzień ustawowo wolny od pracy — z końcem najbliższego dnia roboczego. Decyduje data nadania pisma, nie data wpływu do urzędu.

Podkreślamy tę liczbę, ponieważ w internecie powiela się błędna informacja o terminie „17 dni”. Siedem dni to termin krótki — decyzję o zaskarżeniu trzeba podjąć niemal od razu po odebraniu pisma. Uchybienie terminowi zamyka drogę zażalenia, choć w wyjątkowych sytuacjach można wnioskować o jego przywrócenie.

Trzeba przy tym zachować realizm: samo wniesienie zażalenia nie wstrzymuje weryfikacji i nie gwarantuje szybszej wypłaty zwrotu — jest narzędziem kontroli prawidłowości postanowienia, a nie sposobem na przyspieszenie przelewu. Jeżeli dyrektor izby administracji skarbowej utrzyma postanowienie w mocy, kolejnym krokiem jest skarga do wojewódzkiego sądu administracyjnego; gdy sprawa stoi, odrębnym narzędziem jest ponaglenie.

Oprocentowanie przetrzymanego zwrotu

Jeżeli weryfikacja potwierdzi zasadność zwrotu, wypłacana kwota może zostać powiększona o oprocentowanie odpowiadające stawce opłaty prolongacyjnej, czyli połowie stawki odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych. Nie jest to automatyczna rekompensata w każdej sytuacji przedłużenia — prawo do oprocentowania i jego zakres zależą od tego, czy zwrot okazał się prawidłowy, oraz od okoliczności przedłużenia.

Według stanu zweryfikowanego na marzec 2026 r. stawka odsetek za zwłokę wynosiła 10,50% w skali roku, a więc oprocentowanie przetrzymanego zwrotu — 5,25% w skali roku. Wartość ta jest zmienna: pozostaje powiązana ze stopami procentowymi NBP i zmienia się wraz z decyzjami Rady Polityki Pieniężnej, więc przy wyliczeniach trzeba sprawdzić stawkę obowiązującą w danym okresie.

Dla skali: przy zwrocie 80 000 zł przetrzymanym 90 dni ponad termin i stawce 5,25% rocznie oprocentowanie wyniosłoby około 1 035 zł — rzadko pokrywa to pełny koszt braku gotówki w firmie.

Jakie okoliczności mogą wywołać weryfikację

Krajowa Administracja Skarbowa korzysta z narzędzi analitycznych, w tym systemu STIR oraz analizy danych z JPK i KSeF. Publicznie dostępne statystyki nie pozwalają ułożyć rzetelnego rankingu przyczyn przedłużeń, dlatego poniższa lista to przykładowe okoliczności mogące skłonić urząd do dodatkowego sprawdzenia rozliczenia, a nie hierarchia powodów:

• Rozbieżności między JPK_V7 sprzedawcy i nabywcy — faktura odliczona przez jedną stronę, niewykazana przez drugą.
• Transakcje z nowymi lub krótko zarejestrowanymi kontrahentami, zwłaszcza na wysokie kwoty.
• Pierwszy zwrot u nowo zarejestrowanego podatnika, gdy brakuje historii rozliczeniowej.
• Kwoty nieproporcjonalne do dotychczasowej skali działalności.
• Transakcje wewnątrzwspólnotowe i eksport — trudniejsze do weryfikacji krzyżowej, wymagają potwierdzeń wywozu i dokumentów transportowych.
• Korekta JPK_V7 złożona w toku weryfikacji, zwłaszcza zmieniająca wnioskowaną kwotę zwrotu. Zasady korygowania omawiamy szerzej przy okazji faktur korygujących w KSeF.

Żadna z tych okoliczności nie oznacza zarzutu wobec firmy — to potencjalne powody sprawdzenia, nie podejrzeń. Najlepszą odpowiedzią jest uporządkowana dokumentacja przygotowana zawczasu.

Kiedy warto mieć księgowego po swojej stronie

Zwrot VAT to obszar, w którym różnicę robią detale proceduralne: prawidłowo wyliczony dzień upływu terminu, świadomy wybór wariantu zwrotu i reakcja w ciągu siedmiu dni na postanowienie o przedłużeniu.

Biuro rachunkowe może przejąć tę część: monitorować terminy, doradzić, czy lepiej wystąpić o zwrot, czy przenieść nadwyżkę, przygotować dokumenty pod wezwanie, a w razie potrzeby reprezentować firmę przed urzędem skarbowym. Przy zwrotach z transakcji zagranicznych albo przy pierwszym dużym zwrocie w nowej firmie taka pomoc bywa tańsza niż kilka tygodni zamrożonej gotówki. Wraz z kolejnymi etapami wdrożenia KSeF część praktyk urzędowych wciąż się kształtuje, dlatego każdy przypadek warto ocenić indywidualnie na dzień podejmowania decyzji.

Artykuł ma charakter informacyjny i edukacyjny — nie stanowi porady podatkowej ani prawnej. Przepisy podatkowe zmieniają się dynamicznie, a praktyka urzędów w zakresie zwrotów VAT po wdrożeniu KSeF wciąż się kształtuje. W indywidualnych sprawach skonsultuj się z księgowym lub doradcą podatkowym.

Jeśli Twoja firma czeka na zwrot VAT albo właśnie otrzymała postanowienie o przedłużeniu weryfikacji, warto przejrzeć terminy i dokumentację, zanim upłynie siedem dni. Biuro Rachunkowe Alina Mączka w Chorzowie prowadzi rozliczenia VAT dla firm z Chorzowa, Katowic i województwa śląskiego, a także zdalnie z całej Polski, i reprezentuje przedsiębiorców przed urzędem skarbowym. Zapraszamy do kontaktu lub telefonicznie pod numerem 503 666 300, czynnym całą dobę.